Efeito da fucosilação do núcleo Fc e do isotipo da cadeia leve na flexibilidade da IgG1

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Jun 04, 2023

Efeito da fucosilação do núcleo Fc e do isotipo da cadeia leve na flexibilidade da IgG1

Biologia das Comunicações volume 6, Número do artigo: 237 (2023) Citar este artigo 847 Acessos 3 Detalhes da Altmetric Metrics A N-glicosilação desempenha um papel fundamental na modulação da bioatividade do monoclonal

Biologia das Comunicações, volume 6, número do artigo: 237 (2023) Citar este artigo

847 acessos

3 Altmétrico

Detalhes das métricas

A N-glicosilação desempenha um papel fundamental na modulação da bioatividade de anticorpos monoclonais (mAbs), assim como o isotipo de cadeia leve (LC) pode influenciar suas propriedades físico-químicas. No entanto, investigar o impacto de tais características no comportamento conformacional dos mAbs é um grande desafio, devido à altíssima flexibilidade destas biomoléculas. Neste trabalho investigamos, por dinâmica molecular acelerada (aMD), o comportamento conformacional de duas imunoglobulinas comerciais G1 (IgG1), representativas de anticorpos LCs κ e λ, tanto em suas formas fucosiladas quanto afucosiladas. Nossos resultados mostram, através da identificação de uma conformação estável, como a combinação de fucosilação e isotipo LC modula o comportamento da dobradiça, a conformação Fc e a posição das cadeias de glicano, todos fatores que afetam potencialmente a ligação aos FcγRs. Este trabalho também representa um avanço tecnológico na exploração conformacional de mAbs, tornando o aMD uma abordagem adequada para esclarecer resultados experimentais.

A maioria dos anticorpos monoclonais (mAbs) clinicamente disponíveis são imunoglobulina G1 (IgG1)1, devido à sua maior estabilidade e potentes funções efetoras em relação a outras subclasses de IgG. Os mAbs são compostos por três domínios: dois domínios de ligação ao antígeno fragmentados (Fab) e um fragmento cristalizável (Fc), incluindo cadeias pesadas e leves (HC e LC, respectivamente), ambas contendo regiões variáveis ​​e constantes. Os domínios variáveis ​​são responsáveis ​​pela resposta imunitária adaptativa ou, no caso de mAbs comerciais, pela ligação selectiva a um antigénio alvo. Os anticorpos podem apresentar dois isotipos diferentes de LC, nomeadamente κ e λ2. A proporção de anticorpos contendo LCs κ ou λ varia consideravelmente entre as espécies3 e, considerando os ~ 100 mAbs terapêuticos aprovados, apenas alguns contêm um LC4 λ. Poucos estudos são publicados sobre a comparação funcional e estrutural entre esses dois isotipos, sugerindo diferenças na cooperatividade e flexibilidade dos domínios Fab5, e nas propriedades estruturais das regiões determinantes de complementaridade (CDRs)6. A capacidade das IgG1s de ativar o sistema imunológico pela interação do Fc com receptores Fcγ específicos (FcγR) é considerada um aspecto chave também regulado pela N-glicosilação no Asn297 conservado no Fc7,8. A alteração no comprimento, composição e carga dos glicanos pode impactar a integridade estrutural e a conformação do domínio Fc, alterando assim a afinidade de ligação aos FcγRs e influenciando a resposta imune9,10. Em particular, a fucosilação do núcleo pode afetar a citotoxicidade celular dependente de anticorpos (ADCC), uma vez que diminui a afinidade de ligação da IgG1 ao FcγRIIIa (um receptor ativado de baixa afinidade)1,11,12,13,14,15,16, 17.

Apesar destas observações, o papel estrutural das diferenças de LC na modulação do comportamento funcional destas biomoléculas, tanto em termos de reconhecimento de antígenos como de ativação da função efetora, nunca foi investigado. Alguns estudos18,19 propuseram hipóteses para explicar o efeito da fucosilação nas funções efetoras, mas focando apenas no Fc sem considerar o papel dos domínios dobradiça e Fab. Em nosso trabalho anterior, propusemos que a presença de fucose pode modular o comportamento conformacional de todo o mAb, induzindo uma preferência por uma conformação em forma de T, em princípio menos adequada para ligação ao receptor. De acordo com nossos resultados anteriores, Spiteri et al. demonstraram como os glicanos podem introduzir restrições estruturais, por meio de uma comparação de IgG1 glicosilada e aglicosilada. Este trabalho mostra que a remoção de glicanos afeta a separação Fab-Fc, modulando a flexibilidade da proteína, deixando o anticorpo explorar um espaço conformacional diferente e impactando a ligação aos FcγRs21. Neste trabalho, investigamos o papel da fucose e dos dois isotipos de LC no comportamento estrutural de IgG1s, utilizando uma abordagem inovadora in silico para mAbs, baseada em uma combinação de simulações de dinâmica molecular clássica e acelerada (cMD e aMD, respectivamente). ). Foi realizada uma comparação entre a forma afucosilada (G0) e a forma fucosilada (G0F) de adalimumabe e avelumabe, dois IgG1s comerciais que são bons modelos de anticorpos κ e λ LCs, sugerindo um papel fundamental dos λ LCs na modulação da dinâmica de IgG1. Até onde sabemos, a combinação de métodos MD de amostragem padrão e aprimorado nunca foi usada no contexto do comportamento conformacional de mAbs. Assim, nossos resultados podem abrir caminho para novas perspectivas futuras (experimentais e computacionais) na investigação da flexibilidade do anticorpo.

 90° for both Fab), as shown in Fig. 2. On the opposite, both G0 and G0F avelumab are prone to reach a T-shaped conformation, with θ > 90° in at least one Fab in G0 avelumab, and in both Fab domains in G0F avelumab. According to this analysis, the role of fucose in promoting the T-shaped conformation is confirmed for both isotypes. On the other hand, a putative role of the λ LC in promoting a T-shaped conformation, even in the absence of fucose, is figured out. Moreover, especially for avelumab, these results clearly spotlight the limit of cMD methods in exploring large conformational spaces of such flexible proteins. At the same time, aMD opens to the identification of other descriptors that allows a thorough investigation of the conformational behavior. Starting from these results, since the scope of aMD simulations was to identify minimum energy structures, the following analyses were focused on the frames and the corresponding conformations included in the identified energy minimum./p> 90° for both Fab domains, and we took into account also the conformational variability expected from MD simulations. The distance between the CH2 domains was measured between the glycosylated Asn using MDTraj38. Then, box plots were produced to evaluate the statistical significance of the observed values in the total 21,000 frames. For the aMD, a reweighing procedure was applied according to methods described by Miao et al.40 using Maclaurin expansion to the 10th order to approximate the free energy surface of the system as a function of θ angles. The RMSD matrices for the cluster analysis (of both cMD and aMD) were generated with CPPTRAJ41, while the clusters were obtained using a customized script based on the GROMOS algorithm42. In the case of antibodies C-alpha atoms were considered for the analysis, while for glycans the oxygens involved in glycosidic bonds. RMSD-threshold of 7.5 Å and 6.5 Å were used for the antibodies in cMD and aMD, respectively, and the maximum number of clusters was set to 15 and 10, respectively. For glycans clustering the RMSD-threshold was set to 1 Å and the maximum number of clusters to 10. The essential dynamics (ED) was computed on the overall trajectories by the covariance analysis tool of GROMACS 2020.120,43. Then, the resulting trajectories, projected along the first and the second eigenvectors, were filtered by the frames included in the energy minimum that was identified from the FES (computed as function of θ angles) and were used to calculate the Δϕ distribution. The minimum distance between glycan chains was computed by CPPTRAJ41 and the “nativecontacts” tool with the “mindist” option, while the distance between the center of mass of each chain and itself was computed with the “distance” tool. For the latter, the trajectories were pre-aligned on the Fc. The contacts between LCs and the hinge region were computed by CPPTRAJ41 with the “nativecontacts” tool, considering heavy atoms and a threshold distance of 4 Å. The hydrogen bonds (H-bonds) analysis was computed by a customized python script based on the MDTraj H-bonds identification tool20./p>

3.0.CO;2-M" data-track-action="article reference" href="https://doi.org/10.1002%2F%28SICI%291521-3773%2819990115%2938%3A1%2F2%3C236%3A%3AAID-ANIE236%3E3.0.CO%3B2-M" aria-label="Article reference 42" data-doi="10.1002/(SICI)1521-3773(19990115)38:1/23.0.CO;2-M"Article CAS Google Scholar /p>